军民两用软件分会的理事会是分会的最高决策机构，由在国家国产与自主可控软件领域具有影响力的软件机构、中国的十二大军工集团、与软件产品应用有关的部队等机构组成。 

军民两用软件分会组织结构 

 　　专家咨询委员会由国内相关领域的院士、专家组成，负责协会的战略方向、公共技术攻关咨询以及标准制定等工作。

　　秘书处是分会的执行机构，负责协会的日常工作。秘书处下设会员部、军民两用软件智库部、资质与培训服务部、测评与标准规范部、财务部、市场部、行业工作委员会和地方工作委员会等部门。

　　会员部负责会员的管理与服务、媒体的管理与维护以及协会内部刊物管理工作。

　　军民两用软件智库部负责军民两用智库的组织、管理与服务工作；负责《中国军民两用软件发展报告》的组织工作；负责军民两用智库相关的线上服务平台管理与维护工作；为国家网信办、工信部等国家主管部门提供军民两用软件政策咨询和建议。

　　资质与培训服务部负责军工资质的培训与认证工作。

　　测评与标准规范部负责民参军软件的测试、评估、认证等工作，负责保障软件的安全、可靠与可信；负责军民两用软件领域的国家标准、军队标准、团体标准的制定和实施工作。

　　财务部负责协会的财务工作。

　　市场部负责国家军民两用软件的市场宣传、推广与需求对接等服务工作；负责中国军民两用软件采购公共服务平台（筹建）的日常运行与维护工作；负责协会的年会与各类展会工作。

　　行业工作委员会根据协会的发展，针对不同的军工领域和软件领域负责相应领域有关的软件行业相关工作。

　　地方工作委员会对接地方军民两用管理部门，并根据协会的发展推动地方机构的建设工作。

 核心成员名单

 协会领导成员

 主任委员：奉旭辉（中科院软件中心）

 副主任委员：张子利（原军委战略规划办公室信息化建设政策法规研究中心）

                     郝九江（航天科工四院指控中心）

                     李宏伟（中国电子信息产业发展研究院）

                     陈鹏（中科院软件中心）

 秘书处

 秘书长：陈鹏（中科院软件中心）

 副秘书长：孙洁（中国金融认证中心 CFCA）

                  龙开聪（北京航信佳禾科技）

                  杨明（中科院软件中心）

                  张宇（国科元科技有限公司）

 发起单位

 北京中科院软件中心有限公司

 北京人大金仓信息技术股份有限公司

 上海中标软件有限公司

 中国电科五十四所检测认证中心